Правительство Тюменской области инициировало с одобрения Российского исламского университета (Казань) создание филиала вуза в селе Ембаево. Исполняющим обязанности филиала назначен главный специалист областного комитета по делам национальностей Рустам Галимов.
По планам региональной власти, в Ембаево заложат учебный корпус и общежитие - рядом с соборной мечетью и старинным, ныне пустующим зданием бывшего медресе имени Нигматуллы (Кармышакова-Сайдукова), видного сибирского купца и мецената. Именно он возвел здесь в конце XIX века учебное заведение, а после спалившего почти все селение пожара помог погорельцам отстроить двести новых домов.
В постсоветский период деятельность медресе, готовящего имамов для сельских приходов, дважды приостанавливали по решению суда. В первый раз это случилось после ареста на границе с Таджикистаном члена бандформирования Руслана Абдулина (Хамзы) - в прошлом шакирда Ембаевского медресе. За счет бюджета региона памятник архитектуры и духовной истории края отреставрировали, и в 2004 году возобновили здесь занятия. Преподавателями стали выходцы из Узбекистана. А в конце 2010 года районный суд по иску территориального управления минюста ликвидировал деятельность медресе. Причина - использование учебного пособия, которое внесено в список экстремистской литературы. Ранее были предъявлены претензии, касающиеся соблюдения требований пожарной безопасности и санитарных норм.
Первым предложил присоединить медресе к одному из двух отечественных исламских университетов в качестве филиала профессор Тюменского госуниверситета религиовед Александр Ярков. Профильный комитет регионального правительства счел это предложение разумным, поскольку, по мнению чиновников, появится возможность полноценной качественной религиозной и светской подготовки кадров. Кстати, материальная база учебного заведения расширена: в распоряжение духовного управления мусульман Тюменской области переданы помещения, входящие в состав исторического комплекса медресе.