Впрочем, стоит нам отбросить исторический контекст, слова "шарашка", "шарага" и "шарашкина контора" тут же перестают вызывать у нас почтение. "Где он работает? - Да в какой-то шарашкиной конторе! Ни помещения приличного, ни зарплаты..." Смысл этих слов особых сомнений ни у кого не вызывает. Интересно другое: откуда сами слова?
В Большом словаре русского жаргона (авторы - В. Мокиенко и Т. Никитина) "шарага" - это прежде всего воровская компания, группа расхитителей, а потом уж все остальное. Что касается происхождения... словари, похоже, сами в тупике. Этимологический словарь М. Фасмера (один из самых полных) сообщает нам, что "шарага" - это беспокойный человек, однако глубже проникнуть не получается и у него.
Возможно, стоит внимательнее присмотреться к слову "шара", которое есть в словаре Даля. Это не что иное, как выварки кирпичного чая, утверждает Словарь. И продолжает: отсюда - "шарабара" (хлам, плохие пожитки, плохонькая одежонка и утварь). Может быть, где-то здесь истоки "шараги" и "шарашки"?
Кстати,как написать: шараШкина контора, через "Ш", или шараЖкина, через "Ж"? Чаще пишут все-таки через "Ш" ("шарашкина"), хотя и второе написание тоже признано Большим словарем жаргона.