Уголовное дело в отношении Смирнова было возбуждено прокурором области в сентябре 2006 года по ч. 3 ст. 285 УК РФ (злоупотребление должностными полномочиями, повлекшее тяжкие последствия).
Как полагает следствие, Смирнов, возглавляя конкурсную комиссию по продаже муниципальной недвижимости, провёл конкурс формально. К участию им были допущены лишь две фирмы, принадлежащие его родственникам, ни одна из которых не отвечала конкурсным требованиям. В результате, вопреки интересам города, конкурс выиграла фирма "Аукцион", которая продала принадлежащее городу здание другой фирме более чем за 127 млн. рублей. В результате этой сделки организация получила прибыль в размере 11 млн. рублей. Почти 4 млн. из этой суммы она перечислила на счёт некоммерческого фонда, одним из учредителей и председателем которого являлся Смирнов.
В ходе расследования уголовного дела были выявлены и другие факты злоупотребления должностными полномочиями со стороны Смирнова. При его содействии два городских рынка были переданы в длительную аренду фирме, учредителем которой является жена Смирнова (ч. 1 ст. 285 УК РФ). При этом фактически фирмой через свою супругу управлял сам Смирнов, в связи с чем ему также предъявлено обвинение в незаконном участии в предпринимательской деятельности через посредника (ст. 289 УК РФ).
Подробности читайте на сайте Генпрокуратуры РФ