Все команды РФПЛ в 1/16 финала играют на выезде. Их оппонентами будут девять клубов ФНЛ и семь представителей второго дивизиона. В третьем по значимости эшелоне чемпионата России выступают ульяновская "Волга", дзержинский "Химик", оренбуржский "Газовик", ФК "Астрахань", армавирское "Торпедо", ФК "Тюмень" и "Локомотив-2" (Москва).
"Псков-747" - "Балтика" (Калининград) - 1:2
"Локомотив-2" (Москва) - "Петротрест" (Санкт-Петербург) - 2:0
"Волга" (Ульяновск) - "Шинник" (Ярославль) - 2:1
"Калуга" - "Торпедо" (Москва) - 0:1
"Сокол" (Саратов) - "Химки" - 1:2
"Уфа" - "Урал" (Свердловская обл.) - 0:1
"Газовик" (Оренбург) - "Нефтехимик" (Нижнекамск) - 3:0
"Губкин" - "Салют" (Белгород) - 1:1 (по пенальти 2:3)
"Астрахань" - "Ротор" (Волгоград) - 3:2
"Торпедо" (Армавир) - "Волгарь" (Астрахань) - 2:1
"Алания-дубль" (Владикавказ) - "Спартак-Нальчик" - 1:2
"Сибирь" (Новосибирск) - "Томь" (Томск) - 1:1 (по пенальти 3:4)
"Тюмень" - "Металлург-Кузбасс" (Новокузнецк) - 1:0
"Сибиряк" (Братск) - "Енисей" (Красноярск) - 0:1
"Амур-2010" (Благовещенск) - "СКА-Энергия" (Хабаровск) - 0:1
"Химик" (Дзержинск) - "Торпедо" (Владимир) - + : - (игра не состоялась, так как ранее владимирцы были исключены из соревнований в связи с потерей профессионального статуса).
"Балтика" - "Зенит" (Санкт-Петербург)
"Локомотив-2" - "Мордовия" (Саранск)
"Волга" У - "Кубань" (Краснодар)
"Химик" - "Краснодар"
"Торпедо" М - "Динамо" (Москва)
"Химки" - "Волга" (Нижний Новгород)
"Урал" - "Анжи" (Махачкала)
"Газовик" - "Крылья Советов" (Самара)
"Салют" - "Спартак" (Москва)
"Астрахань" - "Ростов" (Ростов-на-Дону)
"Торпедо" А - "Локомотив" (Москва)
"Спартак-Нальчик" - "Терек" (Грозный)
"Томь" - ЦСКА
"Тюмень" - "Алания" (Владикавказ)
"Енисей" - "Рубин" (Казань)
"СКА-Энергия" - "Амкар" (Пермь)
Пары указаны в том порядке, в каком они расположены в турнирной сетке.