В первом раунде между собой сыграют 26 команд с худшим рейтингом. В результате жребия были определены следующие пары:
Сомали - Нигер
Южный Судан - Мавритания
Гамбия - Намибия
Сан-Томе и Принсипи - Эфиопия
Чад - Сьерра-Леоне
Коморские острова - Лесото
Джибути - Свазиленд
Эритрея - Ботсвана
Сейшельские острова - Бурунди
Либерия - Гвинея-Бисау
Центральная Африканская Республика - Мадагаскар
Маврикий - Кения
Танзания - Малави
Победители этих пар сыграют во втором раунде, соответственно, с Камеруном, Тунисом, Гвинеей, Конго, Египтом, Ганой, Нигерией, Мали, ДР Конго, Кот-Д’Ивуаром, Сенегалом Кабо-Верде и Алжиром.
Кроме того, во втором раунде сыграют следующие пары:
Судан - Замбия
Ливия - Руанда
Марокко - Экваториальная Гвинея
Мозамбик - Габон
Бенин - Буркина-Фасо
Того - Уганда
Ангола - ЮАР
20 команд, пробившихся в третий раунд будут поделены на пять групп, лучшие в которых получат путевки на ЧМ-2018.