Детство Эдварда прошло в родовом имении Савичи Слуцкого уезда. Войниловичи в то время принадлежали к шляхте среднего достатка, имевшей разветвленные фамильные связи с другими известными родами, чьи представители оставили яркий след в культуре и искусстве. Бабушка Войниловича со стороны матери была теткой композитора Станислава Монюшко, дальним родственником по материнской фамилии Ваньковичей был известный польский писатель Мельхиор Ванькович, а замужество сестры Ядвиги добавило в родню род Костровицких и его представителя, знаменитого французского поэта Гийома Аполлинера.
Сам же Эдвард Войнилович с юношеских лет был фигурой яркой и деятельной. Окончив с медалью гимназию в Слуцке, он столь же прилежно постигал знания в Петербургском технологическом институте, где среди его преподавателей были великий химик Дмитрий Менделеев и будущий министр финансов Иван Вышнеградский. По окончании института с золотой медалью он недолго поработал инженером-механиком на Путиловском заводе, после чего отправился учиться дальше в Европу. Не чурался молодой человек и практической работы, одно время трудясь в Бельгии помощником машиниста паровоза.
Из постигнутых за рубежом наук уже скоро пригодились занятия аграрными премудростями в Германской империи. После смерти отца в конце 1874 года 27-летний Эдвард сосредоточился на ведении хозяйства в фамильных владениях. Помещик из дипломированного инженера получился инициативный и склонный к разнообразным инновациям. Женитьба в 1882 году на некрасивой, но богатой Олимпии Узловской увеличила семейные владения, которыми Войнилович управлял образцово и рачительно. Свой действительно передовой опыт он передавал, долгие годы успешно работая в Минском обществе сельского хозяйства. Богатейшие магнаты Радзивиллы доверяли ему опеку над своими обширными владениями.
До 1905 года успешный землевладелец воздерживался от участия в политике, поддерживая неизменно добрые отношения с минскими губернаторами. Первая русская революция побудила его как неформального лидера шляхетского сообщества Беларуси и Литвы к активным действиям. Ставя стратегической целью восстановление исчезнувшей еще в конце XVIII века с карты Европы Речи Посполитой, он стал одним из идеологов и руководителей движения "краёвцев", стремившегося в качестве ближайшей цели к автономии белорусских и литовских земель с преобладанием на них местной шляхты. В 1907-1908 годах Войнилович возглавлял недолго просуществовавшую Краёвую партию Литвы и Беларуси.
Свои идеи неутомимый предводитель шляхтичей пытался провести и в столице Российской империи будучи с 1906 по 1909 год членом Государственного совета, в котором руководил польским коло. Больших политических успехов в Петербурге Войнилович не достиг. Петр Столыпин, став председателем Совета министров, с согласия Николая II предлагал ему должность товарища, т.е. заместителя главноуправляющего Главным управлением землеустройства и земледелия. Гордый шляхтич отказался от назначения вторым лицом в бывшем министерстве земледелия, резонно полагая, что мог бы быть и лицом первым. Его идеи об автономии белорусских и литовских земель в Петербурге сочли вариацией "польской интриги", не имело последствий и сделанное им во время аудиенции у Николая II предложение об установлении рубежа между великорусскими и белорусскими губерниями с целью недопущения проникновения к белорусским крестьянам социалистических идей. Но Войниловича продолжали считать лояльным империи, сохранились и его добрые отношения со Столыпиным, во многом благодаря которым в Минской, Витебской и Могилевской губерниях в 1911 году были введены земские учреждения.
Первая мировая война и 1917 год круто изменили судьбу бывшего члена Государственного совета. Его политические проекты, в том числе идея возрождения Великого княжества Литовского и создание белорусской государственности в союзе с Польшей, так и остались недостижимой мечтой. После Рижского мира 1921 года имения Войниловича оказались на советской белорусской территории и были утрачены безвозвратно. Их бывший владелец поселился в Польше и скончался в городе Быдгощ в 80-летнем возрасте 16 июня 1928 года.
И спустя почти столетие после смерти о Войниловиче сохраняется мифология с акцентом на его поддержку белорусского движения и проектов белоруской государственности. Главное тут - в самой тесной связи всего белорусского с господствующим польским началом. В статье для виленской газеты "Слово" под названием "Границы Польши в 1771 и 1920 годах", напечатанной 27 апреля 1927 года, он предельно четко указывал, что белорусы могли бы сохранить свою национальность только "в соединении с Польшей". По мнению Войниловича, Польша якобы "не ассимилировала белорусов в течение всех четырех веков совместного политического существования". Такие взгляды были не только исторически ущербны, но и архаичны и несбыточны в реальности.
Останется же от Войниловича хорошо известный минчанам "красный костел". Удачливый и богатый землевладелец был глубоко несчастен в личной жизни - в 1897 году скончался от скарлатины 12-летний сын Семен, в 1903-м на 19-м году жизни умерла дочь Елена. Потрясенный отец решил построить в их честь храм. Строительство, одобренное минским губернатором Александром Мусиным-Пушкиным и министерством внутренних дел в Петербурге, продолжалось с 1905 по 1910 год. Творение архитектора Томаша Пайздерского обошлось примерно в 300 тысяч рублей и обогатило городской ландшафт Минска ярким архитектурным объектом, сохранившимся до наших дней. В июне 2006 года в "красном костеле" были перезахоронены останки его строителя, а в 2017-м сквер за храмом получил имя Эдварда Войниловича.