Высокопоставленный чиновник обвиняется в превышении должностных полномочий с причинением тяжких последствий и получении коммерческого подкупа.
Следствием установлено, что В. Малин, будучи заместителем председателя, а затем председателем РФФИ, превысив должностные полномочия, оказывал покровительство владельцу компании по строительству, реконструкции, перегрузке минеральных удобрений на базе 19-го причала (Мурманск) - ЗАО "Агросфера". По данным Генпрокуратуры, через этот причал организациями, подконтрольными бывшим руководителям НК "ЮКОС" Михаилу Ходорковскому, Платону Лебедеву и другим, осуществлялась перевалка минеральных удобрений. За покровительство и сохранение за ЗАО "Агросфера" права на эксплуатацию 19-го причала порта, дающего стабильный высокий доход, руководство компании систематически оказывало В. Малину, а также его родственникам и знакомым незаконные услуги, похожие на взятки. В частности, ему была передана доля в бизнесе, а также фактически подарены два коттеджа, автомобиль "Мерседес" стоимостью 2 миллиона 657 тысяч рублей.
Генеральная прокуратура РФ 24 декабря 2004 года направила в суд уголовное дело в отношении В. Малина. Ему избрана мера пресечения в виде подписки о невыезде.