Напомним, что в первом приближении документ был принят депутатами еще в октябре прошлого года. Но, по мнению депутатов и предпринимателей, эта редакция закона, подготовленная минфином, не в достаточной мере защищала бизнес от налогового произвола. Депутаты посчитали, что ко второму чтению закон нуждается в серьезной доработке. Всего было представлено около 750 поправок. Часть из них вошла в новую редакцию поправок. По мнению экспертов, депутатам удалось сделать законопроект более лояльным к бизнесу, хотя не все замечания были учтены. Впрочем, нынешний вариант поправок не является окончательным. Бюджетный комитет также может внести свои изменения.
Главное изменение, предложенное парламентариями, это закрепление в Налоговом кодексе понятия презумпции добросовестности налогоплательщика. Как пояснил один из авторов поправки депутат Государственной Думы Андрей Макаров, необходимость введения этого понятия вызвана его применением уже не только в решениях Конституционного или Высшего арбитражного судов, но и все большим использованием в судебной практике. Вновь вводимая статья восстанавливает презумпцию невиновности налогоплательщика, пока его виновность не будет доказана в порядке, установленном Налоговым кодексом. При этом признание налогоплательщика виновным должно распространяться только на совершение конкретного правонарушения и не использоваться для подтверждения его недобросовестности в других налоговых правоотношениях. Введение такой нормы, по мнению представителей налогоплательщиков и предпринимательских объединений, ограничит налоговые органы в злоупотреблении понятием недобросовестности налогоплательщика. Представители министерства финансов и Федеральной налоговой службы эту поправку не поддержали во время обсуждения в комитете, но позднее вице-премьер Александр Жуков заявил, что правительство поддерживает введение презумпции добросовестности. При этом вице-премьер подчеркнул, что правительство ждет от бизнеса ухода от схем оптимизации налогов.
Серьезные изменения внесены в механизм проведения налоговых проверок. В законопроекте, принятом в первом чтении, предусматривалось, что максимальный срок налоговых проверок составляет 15 месяцев. Депутаты предлагают снизить этот срок до 6 месяцев.
Парламентарии также уточнили действующие нормы о правах и обязанностях налогоплательщиков, налоговых агентов и налоговых органов. В частности, в отношении права налоговиков требовать от налогоплательщиков и налоговых агентов документы, служащие основаниями для исчисления и уплаты налогов, а также пояснения и документы, подтверждающие правильность исчисления и своевременность уплаты налогов, сделана оговорка "в соответствии с законодательством", также новая редакция нормы исключила из приведенного перечня требование "пояснений". Уточнено, что действия налоговых органов, такие как выемка документов, проведение осмотра помещений и территорий налогоплательщика, осуществляются только в рамках выездных налоговых проверок. Исключена норма о налоговых постах, которая фактически не действовала при отсутствии установленного порядка их создания.
Право вышестоящих налоговых органов отменять решения нижестоящих налоговых органов в случае несоответствия указанных решений законодательству о налогах и сборах дополнено правом изменять эти решения. Норма, устанавливающая обязанность налоговых органов соблюдать налоговую тайну, дополнена обязанностью по обеспечению ее сохранения.
При обсуждении поправок к статье 34.2 НК было подчеркнуто, что письменные разъяснения министерства финансов по вопросам применения законодательства о налогах и сборах должны быть обязательными для налоговых органов. Не поддержано предложение о закреплении в Налоговом кодексе приоритета письменных официальных разъяснений Министерства финансов РФ письменным официальным разъяснениям ФНС России для применения налогоплательщиками, поскольку возникающие противоречия должны регулироваться подзаконными нормативными актами.