Под следствие вице-губернатор впервые попал два года назад. Расследовалась его деятельность на должности председателя областной межведомственной комиссии (МВК) по определению долей квот для прибрежного рыболовства.
Как установила коллегия Счетной палаты РФ, определение долей для прибрежного промысла краба в марте 2004 года, несмотря на предостережения прокуратуры в адрес Чистякова, было произведено с грубым нарушением законодательства. Были ущемлены права ряда рыбацких компаний области по ведению предпринимательской деятельности. Это подтверждено решениями арбитражного суда. Несмотря на это, МВК свои решения не изменила. В результате они не были утверждены в Москве, прибрежный промысел краба на Камчатке так и не начался.
По данным следствия, в 2004 году осталась нераспределенной квота на 1471 тонну краба, а в 2005 году - на 465 тонн. В 2004 году это причинило крупный ущерб консолидированному бюджету страны в виде непоступления обязательных сборов за пользование объектами водных биоресурсов на сумму более 107 миллионов рублей, в 2005 году - 26 миллионов рублей.
В отношении Александра Чистякова было возбуждено уголовное дело. Речь шла о злоупотреблении должностными полномочиями, служебном подлоге, халатности. 14 февраля 2005 года следователь по особо важным делам прокуратуры области постановил его прекратить за отсутствием в действиях вице-губернатора составов упомянутых преступлений. Затем следствие возобновилось и было взято под контроль Генпрокуратурой. Чиновнику, который к тому времени уже был освобожден от должности председателя МВК, предъявили обвинение только в халатности.