Следствие по делу "Нефтяного" проводилось управлением по расследованию особо важных дел Генпрокуратуры при содействии Росфинмониторинга и Банка России. Поводом для возбуждения уголовного дела стали результаты проверки проведения банковских операций, "имеющих признаки" отмывания многомиллиардных денежных сумм. Как установило следствие, члены организованной преступной группы использовали для легализации и обналичивания счета десятков компаний, зарегистрированных на подставных лиц. В результате этого руководителями банка получен доход в размере 163 миллионов рублей в виде процентов и комиссий, из которых свыше 144 миллионов рублей легализовано.
В ходе следствия - весной 2006 года - Банк России лишил "Нефтяной" лицензии на банковскую деятельность. Ранее подал в отставку председатель совета директоров концерна "Нефтяной" Борис Немцов. По словам Немцова, он принял решение уйти с поста, так как считал недопустимым одновременно заниматься бизнесом и общественно-политической деятельностью. Гендиректор "Нефтяного" Игорь Линшиц был объявлен в федеральный розыск, а в печати появились сообщения об аресте ряда сотрудников банка, в том числе и главного бухгалтера.