По словам ведущего научного сотрудника Института географии Национальной академии наук Азербайджана Вагифа Мамедова, много лет занимающегося изучением внутренних водоемов, главной проблемой равнинных озер страны является загрязнение: активная человеческая деятельность негативно повлияла на их экологический режим и среду, кардинально изменив состав и озерных вод, и донных отложений. В частности, в озера Абшеронского полуострова попадает только загрязненная вода, вследствие чего они практически потеряли способность к самоочищению. Когда-то, во времена Бакинского ханства (начало XVIII века), они приносили немалый доход государственной казне. Здесь добывали поваренную соль, продавали ее, обменивали на продукты питания.
Правительство Азербайджана определилось с порядком использования тридцати абшеронских озер, появившихся в результате хозяйственной деятельности человека. По мнению экспертов, использовать эти водоемы можно будет только после их очистки, создания дренажных систем и благоустройства берегов. Согласно госпрограмме социально-экономического развития Баку и его пригородов на 2011- 2013 годы, ответственность за мероприятия, связанные с очисткой вод и прилегающих территорий, разбивкой парков и посадкой лесов вокруг озер, возложена на министерства экологии и природных ресурсов, экономического развития, ОАО "Азерсу" (национальный водный оператор), Государственную нефтяную компанию (ГНКАР), местные исполнительные власти. Им предстоит контролировать процессы сброса в озера бытовых отходов, технических и иных вод, очистку от нефтезагрязнений, установку систем орошения на реабилитированных землях, систематически проводить мероприятия по озеленению и т.д. Именно на территориях вокруг озер, согласно планам правительства, к 2030 году будет функционировать сеть спортивных и оздоровительных олимпийских объектов.
Кроме абшеронских, в Азербайджане немало низменно-равнинных озер, которые прямо или косвенно связаны с самой крупной рекой страны - Курой. С 1953 года, когда построили Мингечявирское водохранилище, фактически приостановились ежегодные разливы Куры, и те озера, которые раньше подпитывались разливными водами, частью высохли или находятся на стадии высыхания. Несколько десятков лет назад площадь акватории всех озер республики составляла около 1,2 тыс. кв. км. Сейчас - в четыре раза меньше.
Одним из самых крупных озер Азербайджана, да и всего Южно-Кавказского региона является Гейгель. У него есть две особенности, определяющие его уникальность. Первая - это день его рождения, вернее, год. Озеро Гейгель образовалось в 1139 году в результате разрушительного гянджинского землетрясения: часть горы обрушилась в долину реки Ахсу, и таким образом возник природный закрытый водоем. Вторая особенность - несмотря на сравнительно небольшие размеры, оно многослойное, как пирог, и ни один слой воды не перемешивается с другим. В силу этой особенности Гейгель называют уменьшенной моделью Черного моря. Кроме того, Гейгель имеет одну из самых высоких в мире степеней прозрачности - более 10 метров. Средним показателем прозрачности, как известно, считается 1-2 м. Горные озера Азербайджана относительно хорошо сохранились за счет того, что находятся высоко в горах, то есть удалены от активной хозяйственной деятельности человека.