Согласно наиболее общепринятой версии он основан около 1330 г. татарским мурзой Четом, родоначальником рода Годуновых, бежавшим из Золотой Орды к Ивану Калите и принявшим в Москве крещение под именем Захария. Долгое время обитель пользовалась покровительством Годуновых, возвысившихся в середине XVI в., здесь похоронены родители Бориса Годунова.
14 марта 1613 г. в Троицком соборе монастыря был совершен торжественный обряд призвания на царство Михаила Романова, положивший конец Смутному времени.
При Романовых монастырь снова занял привилегированное положение. Члены царской семьи почитали обитель как свою фамильную святыню. При вступлении на престол каждый из царей считал своим долгом приехать сюда и сделать щедрые вклады.
В мае 1913 г. монастырь стал средоточием празднования 300-летия дома Романовых. Во время празднования Николай II жил здесь в специально построенном для него за стенами обители деревянном доме.
После 1917 г. монастырские постройки были приспособлены для жительства рабочих костромских фабрик, тут же разместили детский приют и военные казармы, были построены стадион и танцплощадка. В 1980- е гг. вокруг монастыря не раз проходили киносъемки.
Архитектурный ансамбль можно видеть в таких фильмах, как "Жестокий романс" Эльдара Рязанова и "Очи черные" Никиты Михалкова.
Ипатьевский монастырь посещался всеми президентами РФ в период исполнения ими полномочий: 19 июня 1998 г. сюда приезжал Борис Ельцин, 24 марта 2005 г. - Владимир Путин, а 15 мая 2008 г. (на 8-й день после вступления в должность) - Дмитрий Медведев.
*Совместный проект с издательством "Искусство-XXI век"