Монастырь внесен в Список всемирного наследия человечества ЮНЕСКО.
Он занял очень выгодное место в северной части Суздаля, на высоком левом берегу Каменки, и был северным форпостом города. Первоначально монастырь был Спасским, но позже стал называться Спасо-Евфимиевым в честь его первого игумена Евфимия.
Нынешний вид обители сложился в XVI-XVII веках. Возведение грандиозных построек стало возможным благодаря пожертвованиям княжеско-боярской знати. Крупные вклады были пожалованы великим князем Василием III, царем Иваном Грозным, князьями Пожарскими и др. В свое время монастырь считался самой надежной крепостью Владимирской земли.
Близ восточной стены собора в 1642 г. был погребен князь Пожарский - глава народного ополчения, освободившего Москву от польско-литовских интервентов. В 1930-х гг. склеп над могилой был разобран и вместо него установлен каменный крест. В 2009 г. мраморный склеп восстановили и 4 ноября его открыл тогдашний президент Медведев.
Крупнейший феодал-крепостник, монастырь обладал обширными вотчинами. 6375 крестьян мужского пола должны были приносить на стол монастырской братии (113 человек) за лето: масла коровьего - 71 пуд, яиц - 13 100 штук, грибов - 71 четверть, груздей - 158 ведер, орехов - 26 четвертей.
Из описи 1701 г. видно, что в погребах и хозпостройках монастыря хранились обильные запасы. К примеру, одной только рыбы находилось: "232 связки сушеной белой рыбы, 540 лытей (связка по 12 рыб) черной рыбы, 2170 вяленых лещей, 32 кади (по 9 мер) щук, 40 калуг, 216 севрюг, 25 пудов икры, 255 белорыбиц, 20 лососей. Кроме того, было 25 пудов меду, 68 пудов коровьего масла, 31 ведро постного масла, 576 пудов соли".
По распоряжению Екатерины II в 1766 году в монастыре была учреждена тюрьма для крестьян, участвовавших в восстании Пугачева. Потом здесь находились душевнобольные и политические арестанты, еретики, сектанты, раскольники, простые мещане, чем-то не угодившие властям. Они содержались в отдельном здании. В 1829 г. здесь скончался доведенный до сумасшествия декабрист Федор Шаховской.
В "Суздальской крепости" в XIX веке содержались старообрядческие священнослужители. Некоторые из них умерли в кельях, не дождавшись освобождения, другие, как епископы Аркадий (просидевший в одиночной келье 25 лет), Конон и Геннадий, были освобождены в 1881 г., чему помог Лев Толстой. В 1905 г. тюрьму упразднили.
В 1923-1939 гг. здесь существовал политизолятор (затем - тюрьма особого назначения). В нем содержались, в частности, митрополит Петр Крутицкий, экономисты Николай Кондратьев, Леонид Юровский, партийные и комсомольские деятели Владимир Невский, Мартемьян Рютин, Лазарь Шацкин, Иван Смирнов. В годы войны в обители разместился фильтрационный лагерь для военнопленных. Здесь содержался взятый в плен под Сталинградом фельдмаршал Паулюс.
Сейчас монастырь - крупнейший музейный ансамбль города. Храмы не действуют - в них расположены экспозиции музеев.