Например, сдача в аренду руководством МЭИ помещений без заключения договоров нанесла ущерб в размере 18,5 миллиона рублей. В ходе проверки в Академии водного транспорта были выявлены случаи неоднократного предоставления учебных судов сторонним организациям и физическим лицам без заключения договоров и оплаты.
Кроме того, вследствие принятых руководством РГГУ решений о безвозмездном предоставлении гостевых номеров квартирного типа гостям и работникам РГГУ государству как собственнику имущества был нанесен ущерб на сумму 10,6 миллиона рублей.
Проверкой также установлено, что вузами допускалось нецелевое использование средств дополнительного бюджетного финансирования: МЭИ потратил 34,7 миллиона рублей, а РГГУ - 156,2 миллиона рублей.
Были выявлены нарушения при выполнении обязательств вузов по софинансированию. Например, МГТУ "Станкин" было допущено неэффективное использование 120 миллионов рублей, полученных в рамках государственной поддержки развития кооперации вузов и организаций, реализующих проекты по созданию высокотехнологичного производства.
Указанные средства были использованы МГТУ "Станкин" на закупку спецоборудования, оплату работ организации-соисполнителя и выплаты стимулирующего характера сотрудникам вуза.
После этого дальнейшее проведение работ по проекту было признано нецелесообразным без указания причин. Все договоры, заключенные в рамках проекта, был расторгнуты.
Между тем, по заявлению аудитора Счетной палаты РФ Сергея Агапцова, не все вузы оказались "вне закона". К числу высших учебных заведений, осуществляющих свою деятельность эффективно, можно отнести Российский университет дружбы народов и Кабардино-Балкарский университет.
Результаты своей проверки коллегия Счетной палаты решила направить в Минобрнауки, Росморречфлот и ФНС России, информационные письма - в Правительство Российской Федерации и Минпромторг России, а также обращения - в Следственный комитет и Генпрокуратуру России.