Стратегия осуществляется по взаимосвязанным направлениям, реализация которых основана на совершенствовании межведомственного, внутриведомственного и международного информационного взаимодействия и развитии информационных технологий в таможенном деле. Совершенствование системы управления рисками на основе категорирования участников ВЭД, развитие институтов предварительного информирования и электронного декларирования являются приоритетными задачами. Предполагается также расширение практики применения технологии удаленного выпуска, которая в полной мере пока не реализуется. Положительной тенденцией является развитие современных электронных технологий уплаты таможенных платежей, развитие института генеральной финансовой гарантии. Стратегия предусматривает содействие таможенниками развитию добросовестной конкуренции среди законопослушных участников ВЭД.
В качестве одного из важных приоритетов деятельности таможенной службы отмечено содействие интеграционным процессам в рамках Евразийского экономического сообщества, сотрудничество со странами СНГ, Китаем и другими странами.
Результат реализации каждого направления развития таможенной службы будет контролироваться с помощью целевых индикаторов, которые позволят оценить предложенные механизмы совершенствования таможенного администрирования. Направление улучшения таможенного регулирования полностью соответствует "Дорожной карте" "Совершенствование таможенного администрирования", подготовленному рабочей группой Агентства стратегических инициатив по продвижению новых проектов и утвержденному распоряжением правительства РФ от 29.06.2012 г. До 30 апреля ФТС России совместно с заинтересованными федеральными органами исполнительной власти должны представить в кабинет министров план мероприятий по реализации Стратегии.