Процесс над генерал-лейтенантом Пукачем, начавшийся еще в апреле 2011 года, проходил целиком в закрытом режиме, а некоторые протоколы судебных заседаний и материалы дела были отнесены к государственной тайне. Однако приговор зачитывался уже публично, в том самом зале, где ранее судили Юлию Тимошенко.
Помимо убийства, государственные обвинители инкриминировали Пукачу еще целый "букет" статей, в частности - превышение полномочий, допущенное должностным лицом по отношению к публичной фигуре, и повлекшее тяжкие последствия. Прокуратура потребовала от суда высшей меры наказания для Пукача: пожизненного заключения с лишением званий и наград.
Сам Пукач своей вины в предумышленном убийстве не признал. Как следует из его показаний, зачитанных председательствующим судьей Андреем Мельником, журналиста он со своими подчиненными не похищал - его посадили в служебную машину открыто, и только для того, чтобы проверить информацию о якобы шпионской деятельности Гонгадзе. В частности, в показаниях Пукача фигурирует сумма в 400 тысяч долларов, которую Гонгадзе, якобы, получил от неназванных иностранных посольств за сбор информации, а также 50 тысяч долларов, полученные им за написание серии компрометирующих статей против тогдашнего президента Украины Леонида Кучмы.
Убийство, по словам Пукача, было непредумышленным и произошло из-за того, что журналист активно сопротивлялся. Якобы, он - Пукач, слишком сильно придушил сопротивлявшегося Гонгадзе петлей из пояса, отчего у того сломались шейные позвонки. Но намерения убивать журналиста у него не было. В то же время Пукач не отрицает, что потом, желая замести следы, он лично отрезал Гонгадзе голову. При этом Пукач настаивает, что исполнял приказ, но о руководителях, отдавших его, а также об их мотивах не распространяется. Впрочем, он все-таки подтвердил, что указание следить за Гонгадзе было ранее получено непосредственно от тогдашнего главы МВД Юрия Кравченко, покончившего жизнь самоубийством при очень загадочных обстоятельствах сразу после "оранжевой революции".
Суд, в свою очередь, к объяснениям Пукача не прислушался и признал его вину в убийстве и превышении полномочий доказанной, "в соответствии с собранными доказательствами".
Хотя все участники убийства Гонгадзе известны и осуждены (в 2008 году трое подчиненных Пукача, участвовавших вместе с ним в убийстве, уже получили сроки от 12 до 13 лет), имена заказчиков преступления по-прежнему официально никем не названы. Так, уголовное дело против экс-президента Украины Леонида Кучмы, по подозрению в превышении полномочий, повлекшем смерть журналиста, открытое в 2011 году, в минувшем году было закрыто судом за отсутствием доказательств и состава преступления. Сам Кучма утверждает, что и убийство Гонгадзе, и последовавший за этим "кассетный скандал" (обнародование записей разговоров президента его бывшим охранником майором Николаем Мельниченко), это - одна чудовищная провокация против него.
Кроме экс-президента Кучмы украинские СМИ в числе людей если не причастных, то хорошо осведомленных обо всех интригах и перипетиях, предшествовавших убийству, относят тогдашнего главу президентской администрации Владимира Литвина, экс-секретаря Совбеза Евгения Марчука, и многих других.
Впрочем, глобальное "дело Гонгадзе" все еще не закрыто. По словам заместителя генпрокурора Украина Рената Кузьмина, досудебное следствие по выявлению заказчиков резонансного преступления продолжается, и выделено в отдельное производство. Примечательны также последнее слово бывшего генерала. Когда судья Андрей Мельник спросил его, согласен ли он с приговором, Пукач ответил: "Я соглашусь, когда в этой клетке будут сидеть Кучма и Литвин".