По версии следствия, в период с февраля 2011 по февраль 2012 года Бельтюков незаконно передал депутату Госдумы Илье Пономареву 750 тысяч долларов США из средств организации. Растрату данной суммы обвиняемый пытался скрыть путем заключения договоров с Пономаревым. Парламентарий должен был за 300 тысяч долларов был прочитать десять лекций в ряде городов России, а за 450 тысяч долларов США написать научно-исследовательскую работу.
Сейчас следователи проверяют информацию о прочитанных Пономаревым лекциях, а также научную ценность, новизну и обоснованность научных предложений, сделанных автором в работе.
Ранее было заведено дело о хищении 24 млн рублей против директора департамента финансов фонда "Сколково" Кирилла Луговцева и гендиректора таможенно-финансовой компании "Сколково" Владимира Хохлова. Они создали дочернюю компанию "ТФК Сколково", которая за время своего существования практически не работала, но получала деньги из бюджета. Основанием для открытия дела стали материалы Счетной палаты и ФСБ России.
Также в конце февраля этого года СК заявлял о проверке информации о нецелевом расходовании фондом "Сколково" 3,5 млрд рублей и перечислении фондом в виде гранта более 400 млн рублей организации, которая не являлась участником проекта "Сколково".