С именем Федюкина связан прежде всего скандал вокруг липовых диссертаций. Ведь он возглавил комиссию, которая призвана бороться с этим позорным явлением. Правда, тут же появились сообщения, что диссертация самого Федюкина является плагиатом. На что, впрочем, было дано опровержение. Заместителя министра критиковали за целый ряд направлений его деятельности. Но, пожалуй, наиболее жесткой "проработке" он подвергся со стороны председателя Совета Федерации Валентины Матвиенко за срыв подготовки государственной стратегии в области интеллектуальной собственности. Именно она является сегодня камнем преткновения, который не позволяет России создать эффективную Национальную инновационную систему и сдвинуть с мертвой точки разработку и внедрение высоких технологий. Первое звено в длинной инновационной цепочке - это как раз интеллектуальная собственность. Россия обладает огромным научно-техническим потенциалом, но почему-то никак не может его реализовать, недоумевала Матвиенко.
На заседании Совфеда все попытки председателя выяснить у Игоря Федюкина, когда же министерство, наконец, представит проект важнейшего документа, ответа так и не последовало. После чего она поставила под сомнение компетенцию Федюкина подготовить документ. Не исключено, что это заседание Совфеда сыграло далеко не последнюю роль, что вскоре после него последовала отставка Игоря Федюкина.