Он обвиняется в организации в 2002 году заказного убийства предпринимателя Михаила Вюнша - одного из соучредителей и председателя совета директоров крупной холдинговой компании, которая занималась экспортными поставками куриного мяса. По данным следствия, Вюнш был категорически против их совместной коммерческой деятельности с Маркиным.
Бизнесмен погиб, попав в засаду по дороге из поселка Заря Балашихинского района Московской области в столицу. На пути следования автомобиля предпринимателя преступники привели в действие самодельное взрывное устройство сильной мощности. Два его охранника, Александр Федоренко и Владимир Жуков, также погибли при взрыве.
В июне 2006 года Мособлсуд приговорил трех сотрудников охранного предприятия, которым руководил Маркин - Андрея Корунчика, Дмитрия Слатина и Алексея Климова к лишению свободы от 17 до 19 лет с отбытием наказания в исправительной колонии строгого режима. Они были признаны виновными в убийстве предпринимателя. Маркин также проходил по этому делу обвиняемым, но тогда на скамью подсудимых не попал, потому что был в бегах. В том же году его задержали в Испании, но только в 2007 году экстрадировали в Россию. До экстрадиции обвиняемый находился в испанской тюрьме Valdemoro.
Первый суд над Маркиным состоялся в марте 2008 года. Коллегия присяжных подавляющим большинством голосов - десять против двух - признала Александра Маркина невиновным. Он был освобожден из-под стражи в зале судебных заседаний. Следует заметить, что вердикт был необычным для Мособлсуда, где доля оправдательных приговоров одна из самых низких в России.
После этого Александр Маркин вернулся в Испанию. Сразу после возвращения он подал властям этой страны прошение о предоставлении ему политического убежища. Но уже в мае прошло кассационное разбирательство оправдательного приговора в Верховном Суде РФ, инициированное Генпрокуратурой. Высшая судебная инстанция приняла решение отменить приговор, вынесенный на основании вердикта присяжных, и направила дело в Мособлсуд на новое рассмотрение.
По прокурорскому запросу испанские власти вновь задержали Маркина и отправили в Москву. Суд выбрал для него досудебную меру пресечения - содержание под стражей. Была избрана новая коллегия присяжных заседателей, которой предстоит подтвердить или отменить обвинение Маркину по пунктам "а", "е", "ж", "з" части 2 статьи 105 УК РФ в убийстве, части 3 статьи 222 УК РФ в незаконном приобретении, хранении и ношении оружия, части 3 статьи 223 УК РФ в незаконном изготовлении оружия, часть 2 статьи 167 УК РФ в умышленно повреждении имущества, а также в организации заказного убийства по части 3 статьи 33 УК РФ.