Ежегодно Минэкономразвития будет учитывать количество резидентов особой экономической зоны и созданных ими рабочих мест, сколько бизнесменов утратили статус резидента, объем инвестиций и выручки. Имеет значение и объем бюджетных средств, направленных на создание объектов инженерной, транспортной, социальной, инновационной и иной инфраструктуры в зоне. Разумеется, оцениваться будет и объем налогов, таможенных платежей и льгот по ним. Отдельно проверяющие оценят, сколько бюджетных средств на конец года не на создание объектов инфраструктуры особой экономической зоны, по состоянию на конец отчетного года.
Критерии эффективности зависят и от типа особой экономической зоны. Для промышленно-производственного кластера играет роль доля экспорта и высокотехнологичных производств, а так же прирост высокотехнологичных рабочих мест. Для технико-внедренческой особой экономической зоны - количество патентов и изобретений, для туристско-рекреационной - количество туристов, для портовой - доли экспорта, импорта и грузооборот. Для оценки показателей функционирования особой экономической зоны используется пятибалльная система значений. На "пятерку" надо выполнить плановые показатели свыше чем на 90 процентов, на 2 балла - на 35-50 процентов. При этом общая оценка в 3-2 балла считается условно-эффективным функционированием особой экономической зоны с необходимостью совершенствования по отдельным направлениям.