Решение о создании Центра было обусловлено нарастающей угрозой распространения международного терроризма и экстремизма. Ситуация в стране была сложной. Наибольшую опасность представляла деятельность международных террористических организаций, их эмиссаров и пособников на Северном Кавказе, особенно в Чеченской республике. Достаточно вспомнить лишь террористические акты, совершенные в то время: захват роддома в Кизляре, теракты в московском метро, взрывы автобуса в Нальчике и жилого дома в Каспийске.
В 1998 году и без того сложная обстановка на Северном Кавказе обострилась еще больше. Так, 1 мая чеченские боевики захватили представителя Президента России в Чеченской республике Валентина Власова, 3 октября в г. Грозном были похищены и зверски убиты трое граждан Великобритании и один Новой Зеландии. В этих условиях руководство страны и Федеральной службы безопасности разработало ряд мер, направленных на пресечение террористических угроз. Одной из них как раз и стало создание единой мощной структуры спецназа.
Центр создавался не на пустом месте - его основой стали легендарные управления ФСБ "А" и "В" - известные во всем мире как "Альфа" и "Вымпел". Правда тогда пятнадцать лет назад у специалистов были определенные опасения, что объединенные в один коллектив управления "А" и "В" потеряют свою индивидуальность, а их профессиональный рост прекратится. Время показало, что опасения эти оказались напрасными.
Как отмечают в руководстве самого ЦСН, благодаря созданию единого руководства, оптимизации программ боевой подготовки, налаженному обмену кадрами и опытом были сохранены и приумножены лучшие традиции и достижения. Каждое из управлений имело свои задачи и специфику раньше, имеет их и сейчас. В то же время не смотря на единоначалие между подразделениями сохранилась негласная здоровая конкуренция, которая по признанию самих спецназовцев - не мешает, а наоборот стимулирует движение вперед.
Через несколько месяцев после создания состав центра пополнился службой специальных операций под литерой "С". Ее создали на базе 12-го отдела Управления экономической контрразведки ФСБ и 3-го отдела Службы по борьбе с незаконными вооруженными формированиями и бандитизмом Управления ФСБ по Москве и Московской области.
Боевым крещением ЦСН можно считать август 1999 года. Это было в Ботлихском и Цумадинском районах Дагестана, где крупные банды Басаева и Хаттаба при практически открытой поддержке иностранных террористических организаций захватили несколько населенных пунктов, объявив их территорией с "шариатской" формой правления. Именно во время военной операции в Ботлихе состоялось боевое крещение центра. Серьезный вклад в успех операции внесли снайперы ФСБ. На тех участках, где они действовали, террористы несли большие потери и отступали. Кроме того спецназовцы проводили огневые налеты и помогали выводить из окружения отдельные войсковые подразделения, блокированные боевиками.
За событиями в Ботлихе последовала спецоперация в селе Новолакское Хасавюртовского района Дагестана, а с поздней осени того же года центр стал активным постоянным участником контртеррористической операции на территории Чечни.
С тех пор сотрудники ЦСН самостоятельно и во взаимодействии с оперативными подразделениями провели множество оперативно-боевых операций. В результате были освобождены сотни заложников, изъято большое количество оружия, боеприпасов и взрывчатых веществ. Обезврежены активные члены бандформирований, среди которых такие одиозные главари, как Салман Радуев, Арби Бараев, Аслан Масхадов, Раппани Халиллов, Анзор Астемиров, эмиссары международной террористической организации "Аль-Каида" на Северном Кавказе Абу-Умар, Абу-Хавс, Сейф Ислам и другие.
Проверкой на прочность, профессионализм и силу духа для сотрудников Центра стали события в Московском театральном комплексе на Дубровке в октябре 2002 года и в средней школе № 1 в Беслане в сентябре 2004 года. Опыт проведенных там операций по освобождению заложников не имеет аналогов в мировой практике борьбы с терроризмом. Беслан стал и самой трагичной страницей в истории спецназа ФСБ - тогда спасая детей и взрослых заложников погибло 10 спецназовцев.
- Деятельность сотрудников Центра высоко оценена руководством страны и Федеральной службы безопасности. За 15 лет его существования более двух тысяч раз сотрудникам вручались государственные награды, 20 военнослужащих удостоены звания Героя России - 11 из которых посмертно, сообщили в ЦОС ФСБ.
Что касается самих сотрудников элитных спецподразделений ФСБ, то в обычной жизни они совсем не похожи на качков-спецназовцев из американских боевиков. Скорее наоборот - это достаточно сухие, подтянутые и не очень высокие парни. Хотя физически они подготовлены, конечно, очень серьезно. Среди офицеров Центра немало мастеров спорта, чемпионов и призеров чемпионатов России, Европы и Мира. При этом все они как говорится, мастерски стреляют из всего, что стреляет и водят все, что ездит. При отборе в ЦСН кандидаты проходят серьезнейший отбор -проверяется не только физическая подготовка и профессиональные навыки, но и интеллектуальный уровень и психофизиологические качества кандидата. Тестирование ведется исходя из того, что человеку после зачисления предстоит действовать в экстремальных ситуациях, принимать точные и выверенные решения в условиях, связанных с риском для жизни.
Первые три года службы новый сотрудник находится под постоянным вниманием командиров и старших товарищей. Ему определяется наставник из числа наиболее опытных коллег. До автоматизма совершенствуются навыки владения оружием, отрабатывается тактика действий на объектах, которые могут захватить террористы. Также они обучаются стрельбе из всех основных видов стрелкового оружия, установке и преодолению минно-взрывных заграждений, совершению парашютных прыжков и водолазных спусков, промышленному альпинизму, военной топографии, тактико-специальной, горной, военно-медицинской, оперативной и правовой подготовке. В процессе обучения новичков идет процесс воспитания и передачи боевого опыта, которые направлены на выработку у сотрудника Центра способности при выполнении задачи мыслить нестандартно, реально оценивать степень угрозы, адекватно реагировать на быстро меняющуюся обстановку. В целом к офицерам спецназа ФСБ предъявляются очень высокие требования. Фактически вся служебная деятельность сотрудников состоит из двух равнозначных составляющих - участие в оперативно-боевых мероприятиях и постоянная подготовка к их проведению.