Первый же словарь, к которому мы обращаемся, - Орфоэпический, дает множественное число "вЫмпелы, вЫмпелов", а рядом в качестве допустимого приводит и другой вариант, "вымпелА, вымпелОв". Словарь лексических трудностей вообще предлагает два этих варианта как равноправные.
В таких случаях я обычно обращалась за советом к самому строгому арбитру, к Словарю ударений Зарвы и Агеенко, и там ограничились всего одним вариантом - ударением на первом слоге: вЫмпелы, вЫмпелами. Однако последний Словарь ударений Резниченко ставит знак равенства между вЫмпелами и вымпелАми. Значит, можно выбирать любой из вариантов.
Ну и о том, откуда это слово. Историко-этимологический словарь Черных называет происхождение слова "вымпел" довольно темным: вроде бы пришло это слово из голландского (wimpel), оттуда же перешло и в скандинавские языки. В русском языке, как почти все военное, оно с Петровского времени.
Что касается "раздвоения" ударения во множественном числе слова "вымпел", оно сейчас выглядит вполне законным.