Теперь Минюст сможет проверять НКО в том случае, если истек срок устранения нарушения, содержащегося в ранее вынесенном предупреждении. Еще одно новое основание для проведения проверки - поступление в уполномоченный орган обращений и заявлений о фактах, свидетельствующих о наличии в деятельности НКО признаков экстремизма. Кроме того, НКО может ждать внеплановая проверка в том случае, если от властей любого уровня поступили сведения о нарушении НКО профильного законодательства. Также проведение внеплановой проверки возможно на основании требования прокурора в рамках надзора за исполнением закона по поступивших в органы прокуратуры материалам и обращениям.
В принципе расширенный перечень оснований для проведения внеплановых проверок НКО у российском законодательстве уже существовал. Затем список был сужен - до подписания закона единственным основанием для проведения проверок было представление избиркома о проверке сведений, указанных гражданами и организациями при перечислении пожертвований на счета политических партий, в избирательные фонды кандидатов и избирательных объединений.
По официальной статистике, изложенной в пояснительных документах к закону, в 2012 году министерство юстиции проверило 6497 НКО. Это - три процента от их общего количества. Внепланово было проверено 206 организаций. Это - тоже 3 процента, но уже от общего числа проверенных НКО в целом. Таким образом, отмечали в Минюсте, "уполномоченный орган лишен возможности своевременного реагирования на поступление сведений о наличии нарушений некоммерческими организациями законодательства Российской Федерации, что существенно снижает эффективность федерального государственного надзора за деятельностью некоммерческих организаций".
В итоге в июне 2013 года правительство внесло в Госдуму законопроект, расширяющий список оснований для внеплановых проверок НКО. В январе этот закон был принят Госдумой, в феврале получил одобрение Совета Федерации. Перечень оснований для проведения внеплановых проверок НКО, зарегистрированных в качестве "иностранных агентов", был утвержден ранее.