После оглашения обвинительного заключения все пятеро подсудимых заявили, что невиновны. Прокурор Мария Семененко констатировала, что Борис Немцов был убит выстрелами из пистолета. "Дадаев произвел три выстрела, увидел, что Немцов начал подниматься, и произвел еще три выстрела. Было три сквозных и два слепых ранения", - сказала гособвинитель, добавив, что смертельными оказались четыре выстрела. Прокурор также сообщила, что оружие, из которого был застрелен оппозиционный политик, найти так и не удалось. Следствие предполагает, что это был 9-миллиметровый пистолет, но точный его тип установить не удалось.
Как следует из обвинительного заключения, приобрел оружие предполагаемый организатор убийства Мухудинов, который затем передал пистолет Дадаеву и Анзору Губашеву. Сам Мухудинов сейчас находится в международном розыске. В отношении него и других неустановленных следствием лиц, причастных к этому преступлению, продолжается расследование. Оно выделено в отдельное производство.
По данным следствия, в конце сентября 2014 года Мухудинов предложил обвиняемым за 15 миллионов рублей убить Бориса Немцова. Объединившись в организованную группу, они начали планирование преступления. Они тщательно подготовились к преступлению: изучили образ жизни политика, места его проживания и частого пребывания, скрытно наблюдали за ним. А опыт у них был, так как служили они до этого во внутренних войсках МВД. Поэтому и судит их военный суд. В обвинительном заключении сказано также, что подсудимые тщательно выбирали способ и место нападения, необходимое оружие, транспорт, средства связи. Также ими были определены способы и маршруты отхода с места преступления.
В рамках расследования следователи восстановили хронологию событий в день убийства Немцова. 27 февраля 2015 года около 11 часов Заур Дадаев с оружием совместно с Анзором Губашевым прибыл к жилому дому по улице Малая Ордынка, где проживал Немцов, чтобы наблюдать за ним. По данным следствия, примерно в 23 часа 31 минуту Дадаев, следуя за Немцовым и его спутницей по пешеходной дорожке Большого Москворецкого моста, расстрелял Немцова. Политик скончался на месте.