Из 20 команд ФНЛ в Кубке не сыграют фарм-клубы "Спартака" и "Зенита", поскольку по регламенту РФС один клуб не может быть представлен в турнире двумя командами. Кроме того, ФНЛ неизбежно понесет потери на стадии 1/32 финала еще и потому, что шесть команд из этого дивизиона сыграют между собой: "Ротор-Волгоград" - "Волгарь", "Химки" - "Шинник" и "Тюмень" - "Сибирь". При этом в следующую стадию гарантированно пробьется как минимум одна команда из ПФЛ, поскольку одна пара составлена из представителей этой лиги: "Спартак-Нальчик" - "Черноморец".
В остальных случаях клубы ФНЛ сыграют с выходцами из ПФЛ, причем матчи пройдут на стадионах младших по рангу команд. В этом ряду выделяется пара, в которой "Арарат", имеющий в составе экс-звезд Премьер-лиги Алексея Ребко, Марата Измайлова и Романа Павлюченко, встретится с одним из лидеров нынешнего чемпионата ФНЛ калининградской "Балтикой".
Все 16 пар выглядят следующим образом: "Чертаново" (Москва) - "Динамо" (Санкт-Петербург), "Арарат" (Москва) - "Балтика" (Калининград"), "Торпедо" (Владимир) - "Олимпиец" (Нижний Новгород), "Химки" (Московская область) - "Шинник" (Ярославль), "Динамо-Брянск" - "Авангард" (Курск), "Энергомаш" (Белгород) - "Тамбов", "Ротор-Волгоград" - "Волгарь" (Астрахань), "Знамя Труда" (Орехово-Зуево) - "Факел" (Воронеж), "Армавир" - "Кубань" (Краснодар), "Спартак-Нальчик" - "Черноморец" (Новороссийск), "Сызрань-2003" - "Крылья Советов" (Самара), "Сокол" (Саратов) - "Оренбург", "Иртыш" (Омск) - "Томь" (Томск), "Тюмень" - "Сибирь" (Новосибирск), "Чита" - "Енисей" (Красноярск), "Смена" (Комсомольск-на-Амуре) - "Луч-Энергия" (Владивосток). Во всех случаях, за исключением названных выше, первыми указаны команды ПФЛ. Почти все встречи должны пройти 23 августа. И лишь только матч "Смена" - "Луч-Энергия" состоится днем позже.
Победители этих пар в 1/16 финала сыграют с командами Премьер-лиги. Жеребьевка следующей стадии состоится после завершения всех матчей 1/32 финала.