Как пояснили в ведомстве, организация включена в перечень на основании решения Верховного суда России, признавшего ее экстремистской. При этом именно минюст стал инициатором закрытия организации, обратившись в суд с соответствующим иском. По мнению экспертов ведомства, работа "Свидетелей Иеговы" порождает угрозу защите прав и интересов общества и общественной безопасности.
Помимо прочего, организации ставился в вину отказ ее адептов от переливания крови. Многие материалы, распространяемые "Свидетелями Иеговы", также были признаны судом экстремистскими. В частности, в федеральный список экстремистских материалов (его также ведет минюст) включены более десятка выпусков журнала "Пробудитесь!", почти два с половиной десятка выпусков журнала "Сторожевая башня", несколько книг, изданных "Свидетелями Иеговы" на русском языке в разное время, свыше тридцати брошюр, буклет "Конец ложной религии близок".
Поначалу иски о ликвидации организации подавались на региональном уровне - к местным ячейкам "Свидетелей Иеговы". Практика складывалась разноречивая, где-то суды удовлетворяли иски, где-то - нет. В конце концов министерство юстиции подало иск в Верховный суд России о запрете уже в целом организации со всеми филиалами. Верховный суд России удовлетворил требования. Юридически ликвидированными теперь считаются "Управленческий центр Свидетелей Иеговы в России" и 395 входящих в его структуру местных религиозных организаций.