За годы Великой отечественной войны подлодка совершила семь боевых походов, не раз получала повреждения на минах, но выживала. По количеству потопленных судов с 1941 по 1945 годы субмарина заняла первое место в советском флоте. Но самая успешная боевая операция произошла в ночь с 16 на 17 апреля 1945 года.
В тот момент Л-3 под командованием капитана 3-го ранга Владимира Коновалова патрулировала вход в Данцигскую бухту. Экипаж заметил конвой из транспортов в сопровождении двух тральщиков. Самый крупный транспорт - "Гойя" - был выбран в качестве цели.
Но вернемся на несколько лет назад. Что представляло собой немецкое военное судно? Оно было достаточно новым: с норвежской судоверфи "Гойя" спустили на воду в апреле 1940 года. После победы над Норвегией немцы его конфисковали, используя к концу войны для эвакуации морем. За четыре похода транспорт перевез более 19 тысяч человек: в среднем на борту находилось около 5 тысяч пассажиров за один раз. Но в роковой пятый поход из Восточной Пруссии "Гойя" был без преувеличения забит людьми: точной цифры сейчас не найти, но сообщается о 7 тысячах эвакуированных.
Ходил слух, что это последняя крупная эвакуация, поэтому попасть на судно хотело огромное количество людей. Здесь были и гражданские, и раненые военные. Бывший сухогруз для перевозки пассажиров приспособлен не был, поэтому вся палуба была забита людьми. Спасательного снаряжения едва хватило бы, да и вода за бортом была ледяной. Впрочем, отсутствие переборок между отсеками, отличавшее "Гойю" от пассажирских кораблей, обеспечило моментальное погружение судна под воду и не оставило шансов людям.
Чтобы атаковать "Гойю" советской подлодке пришлось преследовать корабль над водой: так скорость субмарины была достаточной. Почти в полночь Л-3 выпустила несколько торпед по транспорту: цели достигли две. Одна попала в машинное отделение, вторая - в носовую часть. Спустя семь минут немецкий корабль полностью погрузился под воду. Погибли практически все, кто находился на борту. Корабли сопровождения спасли 157 человек, днем 17 апреля было обнаружено еще 28 выживших, впрочем, и эти данные до сих пор разнятся.
Гибель транспорта "Гойя" - это одна из самых крупных в истории морских катастроф: человеческие потери значительно превышают даже трагедию "Титаника". Немецкие корабли сопровождения пытались преследовать Л-3 и даже сбросили несколько глубинных бомб, но подлодка успешно ушла от преследования.
Капитан Коновалов после окончания войны получил звание Героя Советского Союза - в том числе, за операцию с транспортом "Гойя". Он был награжден орденом Ленина и медалью "Золотая Звезда". Рубка прославленной Л-3, служившей до 1953 года, находится в музее на Поклонной горе в Москве.