Занимавший около 500 гектаров лагерь был строго засекречен пакистанским правительством и официально представлялся, как центр гуманитарной помощи. Помимо тренировочных площадок, где обучали моджахедов, в нем находились крупные склады боеприпасов, а также зинданы и глиняные мазанки, в которых содержались пленные - по разным данным, около 40 афганцев из правительственной армии и 12-14 "шурави" из Советского Союза.
Узники использовались на тяжелейших работах, в том числе и каменоломне. За малейшее неповиновение их подвергали жестоким наказаниям и пыткам. То же самое ждало советских солдат и за обращение друг к другу по настоящему имени и за общение на родном языке - каждому из них присвоили афганское имя, вынудили принять ислам, заставляли учить фарси и подписать документы о готовности отказаться от гражданства СССР.
Побег из Бадабера считался невероятным, и все-таки советские военнопленные решились на свой последний бой. У начала мятежа несколько версий: по одной из них узники воспользовались моментом, когда почти все моджахеды отправились на вечернюю молитву, по другой - боевики были заняты игрой в футбол, третья рассказывает, что восставшие устроили диверсию с электрогенератором. В любом случае пленные сумели обезвредить охрану, завладели автоматами, гранатами и другими боеприпасами, и заняли позиции на крыше одного из оружейных складов, откуда открыли предупредительный огонь, чтобы привлечь внимание.
Лагерь был окружен плотным кольцом из сотен моджахедов. Несколько их попыток нейтрализовать восставших оказались безрезультатными - советские солдаты успешно отбивали атаки. Пленные требовали прибытия советских дипломатов, представителей пакистанских властей и международных общественных организаций.
На место прибыл руководитель "Исламского общество Афганистана", позже ставший президентом республики Бархануддин Раббани. Он пытался уговорить пленных сложить оружие, но их основное требование оставалось неисполненным. Переговоры сменялись перестрелками, и в конце концов моджахеды пошли на штурм Бадабера. По территории лагеря ударила артиллерия, была задействована авиация. По одной из версий, именно в результате артобстрела взорвался склад оружия, где находились восставшие. Сам Раббани впоследствии в одном из интервью рассказывал, что взрыв боеприпасов на складе произошел из-за попадания снаряда РПГ, случайно выпущенного одним из моджахедов. Наиболее распространенной является версия, что узники сами совершили подрыв, понимая исход боя.
На месте склада образовалась воронка диаметром 80 метров. Идентификация тел погибших была невозможна.
О героизме советских пленных в лагере Бадабер стало широко известно только после распада Советского Союза. Официальные данные ни одно из государств никогда не оглашало. В настоящее время в открытых источниках можно обнаружить выдержки из сводного документа, подготовленного штабом 40-й армии и посольства СССР в Пакистане. В нем говорится, что все принявшие участие в вооруженном восстании советские и афганские военнопленные погибли. Установить точные фамилии узников невозможно, поскольку взрывом была уничтожена канцелярия, где находились списки, а также в связи с тем, что пакистанскими властями и сторонниками афганской революции были приняты "меры по изоляции свидетелей событий в Бадабере".
Восставшие сумели продержаться более суток, при попытках захвата тюрьмы погибли более 100 моджахедов.
В 2013 году в селе Сенгилеевском Ставропольского края был открыт мемориал советским солдатам, погибшим в пакистанском лагере. На нем изображен Виктор Духовченко, которого называют руководителем восстания.
По сведениям некоторых западных журналистов, в течение 1987 и 1988 годов на территории вблизи границы Пакистана и Афганистана советские спецслужбы провели ряд операций, нанесших огромный ущерб группировкам моджахедов. Они стали своеобразным ответом на случившееся в Бадабере.