В начале октября подлодка вышла в обычный поход. Она должна была нести боевое дежурство восточнее датского острова Борнхольм. В середине октября субмарина повредила рамку-антенну радиопеленгатора, зацепившись за рыболовный трал. Но командиру приказали продолжать поход и пользоваться резервным оборудованием. 27 октября в 21:57 по корпусу подлодки прокатился металлический скрежет. И С-363 выскочила на камни. Экипажу не удалось снять ее с мели.
И только утром, осмотрев окрестности, члены экипажа поняли, где они находятся. На рубке подняли флаг ВМФ СССР. Какой-то рыбак заметил субмарину и позвонил в полицию. На место отправили катер. Сразу же об инциденте сообщили в посольство СССР в Швеции, а также в МИД СССР. Начались дипломатические переговоры.
Командир подлодки Анатолий Гущин отказался покидать субмарину. Ситуация накалялась. Шведы вообще были готовы взять подлодку штурмом. Но 1 ноября дипломаты смогли договориться на следующих условиях: СССР приносит Швеции официальные извинения, а снимать субмарину с мели будет только шведский корабль.
На встречу со шведской комиссией по расследованию инцидента отправили командира Анатолия Гущина и замполита Василия Беседина. На следующий день власти заявили, что советская подлодка вошла в территориальные воды Швеции из-за неполадки навигационного оборудования и ошибок экипажа при определении местонахождения. Из-за этого и села на мель.
6 ноября шведы сняли С-363 с мели, отбуксировали в нейтральные воды и передали управление экипажу.
Была назначена специальная комиссия для расследования ЧП и в Советском Союзе. В итоге, капитана 2-го ранга Иосифа Аврукевича уволили из армии, командира Анатолия Гущина сняли с должности и направили служить в береговую часть, замполита Василия Беседина признали невиновным.
Советские моряки после этого случая дали С-363 прозвище "Шведский комсомолец".