Скотт Джонсон родился 12 мая 1952 года в Мадисоне, Висконсин, и вошел в историю своими пионерскими экспериментами по использованию закольцованных записей человеческого голоса в качестве мелодического инструмента. Эксперименты артиста скрещивали живую разговорную речь, разного рода неречевых вокализаций (например, смех) и инструментальную музыку - в форме развернутых произведений. Причем всё это - задолго до изобретения цифровых инструментов обработки звука. В его творчестве заметно влияние Джона Кейджа и Стива Райха. Да он и не скрывал.
Джонсон окончил Висконсинский университет в родном городе - по специальности "Изобразительное искусство". В 1975-м переехал в Нью-Йорк, немедленно влившись в тамошнюю прогрессивную арт-сцену, первоначально сосредоточившись на изобразительном искусстве, скульптуре, перформансах и инсталляциях. Чуть позже артист начал играть на гитаре в чужих проектах, например, у Лори Андерсон.
Ранние самостоятельные работы Джонсона - это нарезанные вручную петли магнитной ленты, пропущенные через проигрыватель для перезаписи. В 80-х Джонсон собрал два проекта, записав альбомы Rock/Paper/Scissors и Convertible Debts. Тогда же стартовало его сочное сотрудничество с Kronos Quartet.
В 1988-м Джонсон написал музыку к фильму Пола Шредера, биографической драме "Пэтти Хёрст", вернувшись к использованию записанной речи. В этот раз - с участием актрисы Наташи Ричардсон, сыгравшей там главную роль. Плюс его музыка звучит в сериале "Байки из склепа" и ромкоме "Как отделаться от парня за 10 дней".
Скотт Джонсон издавался на Tzadik, лейбле Джона Зорна, и писал для редактируемого Зорном журнала Arcana: Musicians on Music, посвященного разного рода новейшей и престранной музыке.