В РАНХиГС Комиссаров пришел в 2017 году. Занимал пост проректора - директора Высшей школы государственного управления академии, создавал и руководил программой подготовки высшего управленческого резерва ("Школа губернаторов"). С 2018 года Алексей Комиссаров также возглавляет президентскую платформу "Россия - страна возможностей".