Военные традиции в семье Войцеховских были прочными: генералами Русской армии стали его отец Николай Карлович и дядя Михаил Карлович, отличившиеся еще в Русско-турецкую войну 1877-1878 годов при освобождении Болгарии. Исходя из фамилии, обоих старших Войцеховских, дворян Витебской губернии, учившихся в витебской гимназии, во время службы порой именовали "поляками". На самом деле это была типичная для шляхты белорусских земель семья с привычным образом жизни. Осевший на старости лет в эмиграции в Болгарии Михаил Карлович сохранил эти традиции в полной мере. По отзыву одного из мемуаристов, "в Болгарии он ожил, обрел... галантность и остроумие, отплясывал вальсы и даже мазурку и отличался завидным здоровьем, лечась от всех недугов одним лекарством: "три с перцем, три без перца и три так". Впрочем, и в процессе "лечения" он был, как говорится, ни в одном глазу, и был образцом истинного военного и кавалера".
У Сергея Николаевича до Первой мировой войны была типичная для перспективного молодого офицера биография. Окончил Константиновское артиллерийское училище в Петербурге, в 1912 году успешно завершил обучение в Академии Генштаба. Усердно нес службу в войсках, среди прочего служил в Гродненской губернии. За год до Первой мировой, в июле 1913 года, окончил в Москве авиационную школу Императорского общества воздухоплавания. Страсть к покорению неба сохранилась и в зрелые годы - уже будучи высокопоставленным чехословацким генералом, Войцеховский продолжал летать, осваивая современные типы самолетов.
Юный Войцеховский в 1905 году был близок к участию в Русско-японской войне, но на фронт так и не попал по причине прекращения боевых действий. Первой войной для молодого офицера стала Первая мировая, по ходу которой с декабря 1915 по начало 1917 года он служил на белорусской земле в Молодечно. В Русской императорской армии он дослужился до подполковника, был ранен в ногу и под лопатку. Уже при Временном правительстве в августе 1917-го его судьба существенно переменилась, предопределив и послевоенную карьеру: Сергея Николаевича прикомандировали к воевавшей в составе Русской армии Чешско-Словацкой стрелковой бригаде в должности начальника штаба. Формально это было понижение по службе, но фактически - большая удача: чехословацкие формирования в условиях стремительного развала остальной армии оставались вполне боеспособными. Войцеховский обзавелся на новом месте службы ценными знакомствами, позволившими ему уже в 1921 году не только переехать в Чехословакию, но и подтвердить в ее армии полученный в 1918-м генеральский чин. В годы Гражданской войны до весны 1919 года Сергей Николаевич воевал с красными, командуя чехословацкими частями, и генералом он стал по решению Чехословацкого национального совета. В 1919-м его чин генерал-майора подтвердился при переходе на службу в армию Колчака.
Получив известность как один из самых способных военачальников в рядах белых, Войцеховский в конце 1920 года эвакуировался в Константинополь. В отличие от большинства соратников по борьбе с большевиками, ему было где продолжить военную службу, и участь булгаковского генерала Чарноты ему точно не грозила. Уже в начале 1921 года Сергей Николаевич вступает в ряды армии Чехословацкой Республики в чине бригадного генерала. Молодому чехословацкому государству профессиональные военные специалисты с хорошей выучкой требовались остро, Войцеховский к тому же даже после принятия чехословацкого гражданства не мог претендовать на самые высокие должности, хотя в его аттестациях начала 1930-х годов можно найти строки о пригодности к занятию поста чехословацкого Генерального штаба.
Уроженец Витебска к 1935 году достиг своего карьерного потолка, став четвертым по значимости полководцем в военной иерархии Чехословакии с чином генерала армии. При личном содействии первого чехословацкого президента Томаша Масарика он стал командующим столичным Пражским военным округом. Второй президент страны Эдуард Бенеш Войцеховского недолюбливал, а в условиях наметившегося в том же 1935-м потепления отношений с СССР он готов был отправить в отставку бывшего белого генерала. Но назначение Войцеховского относилось к числу "заветов Масарика", и уволить его Бенеш так и не смог. На встречах с советскими представителями Сергей Николаевич принципиально говорил только по-французски: большевиков он так и не полюбил.
Позиции командующего округом и президента столкнулись в трагические для Чехословакии дни Мюнхенского сговора в конце сентября 1938 года. Гитлер при содействии Муссолини и премьер-министров Великобритании и Франции Чемберлена и Даладье договорился о расчленении Чехословацкого государства. Власти в Праге приняли мюнхенские решения безропотно, ссылаясь на неготовность к большой войне, в которой на стороне Германии выступили бы Венгрия и Польша. Бенеш избрал такую линию поведения: "Я не поведу нацию на убой", уже в октябре он ушел с поста президента и улетел в эмиграцию в Лондон. Между тем армия Чехословакии была в 1938-м одной из сильнейших в Европе. Убеждала Бенеша воевать с Гитлером лишь небольшая группа военных во главе с Войцеховским, но безуспешно. Весной 1939 года после ликвидации чехословацкой государственности Сергея Николаевича уволили из армии, в годы Второй мировой войны он решительно отказался служить немцам и генералу Власову. В 1945-м с приходом Красной армии был арестован органами "СМЕРШ", а затем приговорен к 10 годам заключения. 7 апреля 1951 года он умер в Озерлаге близ Тайшета.