Набиуллина родилась 29 октября 1963 года в Уфе. В 1986 году окончила экономический факультет Московского государственного университета им. М. В. Ломоносова.
В 1992-1994 годах Набиуллина была главным специалистом, консультантом дирекции Российского союза промышленников и предпринимателей по вопросам экономической политики. Позднее Набиуллина занимала различные должности в Минэкономразвития, которое и возглавила в 2007 году.
В 2012-2013 годах Набиуллина занимала должность помощника президента РФ. В июне 2013 года Эльвира Набиуллина была назначена председателем Банка России.