Высший Государственный Совет определяет важнейшие вопросы развития Союзного государства, образует в пределах своей компетенции органы Союзного государства, включая органы управления отраслевого и функционального характера. Назначает выборы в Палату Представителей Парламента Союзного государства. Утверждает бюджет Союзного государства, принятый Парламентом Союзного государства, годовые отчеты о его исполнении, международные договоры Союзного государства, ратифицированные Парламентом, а также государственную символику Союзного государства. Кроме того, он определяет местопребывание органов Союзного государства и заслушивает ежегодный отчет Председателя Совета Министров о реализации принятых решений. ВГС выполняет и другие функции, отнесенные к его ведению Договором о создании Союзного государства либо переданные на его рассмотрение государствами-участниками. ВГС в пределах своих полномочий издает декреты, постановления и директивы. Акты ВГС принимаются на основе единогласия государств-участников. Акт не является принятым, если одно из государств-участников высказалось против его принятия. Голосование на заседаниях ВГС от имени государства-участника осуществляет глава государства либо лицо, им уполномоченное.
Председателем Высшего Государственного Совета является один из глав государств-участников на основе ротации, если они не договорились об ином. В настоящее время функции Председателя ВГС исполняет Президент Беларуси Александр Григорьевич Лукашенко. Он занимает эту должность с 2000 года.