Родился в 1896-м в Торжке Тверской области. Его родители - учителя-народники - за революционную деятельность были лишены права преподавать и отправлены в Тверскую губернию под негласный надзор полиции. Женя был одаренным ребенком, его отличали пытливый ум, способности к музыке и рисованию. Окончил Новоторжокское реальное училище, поступил в одно из лучших высших учебных заведений Москвы - Петровско-Разумовскую Академию, ныне Московскую сельскохозяйственную Академию имени К. А. Тимирязева. Закончить учебу не довелось. Началась Первая мировая война, и Яковлева призвали в армию. Затем революция, Добровольческая Армия и, как закономерный итог, эмиграция в Константинополь, потом в США и, наконец, в Перу, где он стал сотрудничать с Национальным Музеем Перу и журналом "Revistadel Museo Nacional". Тема публикаций: свои исследования керамики доколумбовой цивилизации.
При этом Евгений Никандрович использовал знания ботаники и зоологии, полученные в России. Во всех статьях соединялись этнографические источники и современные свидетельства, что давало более полное представление об иконографии, изображенной на гончарных изделиях доколумбовых цивилизаций. Подробнейшее межкультурное исследование изображений птиц как натуралистических, так и мифических изображений во всех доколумбовых обществах Перу было признано в научных кругах.
В 1934 году Евгений Яковлев вместе с Хорге Мюлле опубликовали подробное описание и каталог захоронений, которые, благодаря тщательности исследований, стали классикой и вошли в учебник "Человеческие останки: руководство для музеев и академических институтов".
В ноябре 1940 года, Евгений Яковлев встречался с Н.И. Вавиловым во время посещения Николаем Ивановичем Археологического института в Лиме, где Яковлев работал заместителем директора. Его работы были высоко оценены нашим ученым.
В России Е.Н.Яковлев практически не известен, а в Перу его почитают как выдающегося археолога, который прославился своими археологическими исследованиями древних культур Латинской Америки. В центре столицы Перу Лимы находится площадь имени Евгения Яковлева (Plaza Eugenio Yacovleff), в городах этой страны есть улицы, названные в его честь. Евгений Яковлев умер 16 декабря 1934 года и похоронен в Лиме.
Сегодня в Институте Латинской Америки в Москве прошло торжественное мероприятие, посвященное истории взаимоотношений между Россией и Республикой Перу. Много добрых слов было сказано о русском ученом Евгении Яковлеве и других наших соотечественниках, которые прославились в странах Латинской Америки.
Среди гостей работники Россотрудничества, Департамента Внешнеэкономических и Международных связей Правительства Москвы, племянница Евгения Яковлева - Светлана Калистратова, Чрезвычайный и Полномочный Посол Республики Перу в РФ Хуан Хенаро дель Кампо Родригес, дипломаты, перуанские студенты, обучающиеся в России.
Торжественное собрание открыли директор Института Латинской Америки РАН Дмитрий Розенталь и заместитель председателя международной комиссии Российского Союза Ветеранов, член Всемирного Совета Мира Александр Мудрагей. Они отметили особую роль народной дипломатии в деле улучшения взаимоотношений между странами.
Посол Республики Перу Хуан Хенаро дель Кампо Родригес рассказал об истории российско-перуанских отношений, их сегодняшнем состоянии.
С сообщением о деятельности Русской Православной церкви в Перу выступил Директор Центра Ибероамериканских программ МГЛУ, Чрезвычайный и Полномочный Посол России Я.С.Бурляй.