С 2006 по 2007 гг. был следователем центрального аппарата Генеральной прокуратуры РФ. В 2007 г. начал работать в Следственном комитете Российской Федерации. Являлся старшим следователем по особо важным делам при председателе Следственного комитета РФ. В это время, как напоминают СМИ, руководил расследованиями убийства Бориса Немцова, покушения на Анатолия Чубайса, убийства адвоката Станислава Маркелова и журналистки Анастасии Бабуровой участниками "Боевой организации русских националистов".
Игорь Краснов также курировал расследование дел в отношении бывших губернаторов Сахалинской области Александра Хорошавина, Кировской области Никиты Белых, республики Коми Вячеслава Гайзера и экс-министра экономического развития Алексея Улюкаева.
В апреле 2016 г. Игорь Краснов был назначен заместителем председателя Следственного комитета Российской Федерации. В январе 2020 года по представлению президента России Игорь Краснов был утвержден Советом Федерации на должность Генерального прокурора РФ. Он известен своей принципиальной позицией по борьбе с коррупцией и защитой прав социально незащищенных категорий граждан.