Бизнесмена обвиняют в особо крупном мошенничестве и покушении на крупное мошенничество при исполнении контракта с Министерством обороны РФ. Расследованием дела занимается военное следственное управление СКР по ракетным войскам стратегического назначения.
Сергей Люфанов в настоящее время скрывается от следствия. Одинцовский горсуд по требованию СКР арестовал все счета Центра, чтобы компенсировать ущерб оборонному ведомству. Но Мособлсуд позже поправил это решение, и арестованными остались лишь средства на сумму похищенного - 11 миллионов рублей.