По данным AFP, политик будет находиться в тюрьме Сан-Педро-де-ла-Пас, в которой содержатся обычные заключенные.
Прокуратура запросила для экс-президента три месяца предварительного заключения.
По версии следствия, Луис Арсе, будучи министром экономики при президенте Эво Моралесе, разрешил переводы государственных средств на счета фермеров для завершения ряда сельскохозяйственных проектов.
Луис Арсе обвиняется в "халатности при исполнении служебных обязанностей" и "коррупции".
Экс-президент называет выдвинутые против него обвинения местью политических противников.
Луис Арсе покинул пост президента Боливии 8 ноября.
Новый глава государства Родриго Пас сразу после вступления в должность обвинил предшественника в том, что он оставил государство, напоминающее "выгребную яму".
Началась проверка деятельности государственных компаний.
Прокуратура предъявила обвинения шести экс-руководителям государственной нефтяной компании YPFB.