Уже в пять лет он умел читать и писать. В 17 лет окончил колледж в Маниле, но диплом землеустроителя получил только по достижении совершеннолетия.
Столкнувшись с дискриминацией со стороны колониальных властей, Рисаль отправился (1882) учиться в Испанию, где изучал медицину и философию. Поскольку его мать начала слепнуть, Рисаль решил совершенствоваться в офтальмологии. Дважды защитил докторские диссертации - в Париже и Гейдельберге. В Европе прожил десять лет. Много путешествовал и везде производил большое впечатление своей доброжелательностью и эрудицией.
Рисаль порвал с официальной церковью. В научных трудах он выступал как гуманист, а в публицистических статьях ратовал за предоставление своим землякам основных прав и свобод, за создание светской системы образования, за отмену трудовой повинности крестьян.
Наиболее заметный след Рисаль оставил в литературе. Его стихи, проза и публицистика на Филиппинах считаются классическими. Протестом против порабощения родины испанцами стала его книга "Не прикасайся ко мне" (1887). За ним последовал антиколониальный и антиклерикальный роман "Флибустьеры" (1891). Заметную роль в пробуждении национального самосознания соотечественников сыграли также памфлеты Рисаля. Поэтому после возвращения из Европы (1887) его выслали из страны.
Работая врачом в Сянгане, Рисаль возглавлял патриотическую деятельность филиппинских эмигрантов. Через пять лет он вернулся в Манилу и основал "Филиппинскую лигу" - первую национальную политическую организацию. И хотя ее целью были мирные реформы, Рисаля арестовали и сослали на остров Минданао.
Лепрозорий на острове Кулион основали в 1906 году. Затем численность больных проказой увеличилась многократно, и в 1913 году для нужд лепрозория стали чеканить разменные монеты - сентаво. Только в 1925 году на кулионском песо впервые появился портрет Хосе Рисаля:
Рисаль был противником насилия и кровопролития. Он отказался возглавить восстание, которое вспыхнуло в 1896 году.
По разрешению генерал-губернатора Филиппин и даже с его рекомендательным письмом Рисаль отправился на Кубу, где ему обещали место врача и практику по борьбе с желтой лихорадкой. Но колонизаторы понимали, что объективно его деятельность служила идеологической подготовке национально-освободительной революции. К тому же помимо воли Рисаля его избрали почетным президентом повстанческой организации "Катипунан".
Писателя арестовали в Барселоне и депортировали на Филиппины, где обвинили в заговоре и подстрекательстве к мятежу. Несмотря на отсутствие доказательств, военный суд приговорил Рисаля к смертной казни. Даже в этой ситуации власти не обошлись без издевательства: за два часа до расстрела Рисалю разрешили заключить ранее запрещенный брак с гражданской женой - ирландкой Жозефиной Бракен.
Перед роковым залпом врач констатировал, что у Рисаля нормальный пульс.