У испанского же правосудия имеются более серьезные претензии к Египтянину. Его обвиняют в убийстве около 200 человек, которые погибли в результате подрыва бомб в мадридских электричках, а также в создании незаконной вооруженной группировки. После заслушивания обвинения, озвученного судьей Хуаном дель-Ольмо, расследующим дело о терактах 11 марта, подследственный был доставлен в тюрьму. Тюремный комплекс Сото-дель-Реаль в сорока километрах к северу от Мадрида станет "местом жительства" Ахмеда на ближайшие шесть месяцев. Именно на такой срок, хотя и с возможностью его продления, итальянские власти передали подозреваемого испанцам. Затем Египтянин вернется в Милан для разбирательств с местным правосудием.
Испанская сторона долго просила итальянцев выдать араба. Судебный запрос об экстрадиции главного подозреваемого был направлен в Италию практически сразу после ареста Ахмеда Рабеи в Милане. Однако Италия не спешила удовлетворить просьбу Мадрида. Сделала она это только после того, как спецслужбы прослушали перехват телефонных разговоров, в которых Ахмед якобы хвастался тем, что играл главную роль в мадридских взрывах. Данные теракты он называл "своим проектом". Только после этого итальянские власти посчитали возможным передать араба испанцам, но и то с условием его возврата.
В Испании Ахмеда считают экспертом в подрывном деле. По имеющейся у правоохранительных органов информации, Египтянин прошел хорошую подготовку подрывника, когда служил в египетской армии. Примерно в возрасте 30 лет он приехал в Испанию, где сразу занял лидирующие позиции в местных исламских радикальных организациях. Его деятельность не прошла незамеченной для властей. Еще в 2002 году судья Национальной коллегии Бальтасар Гарсон в ходе следственных действий характеризовал Ахмеда Рабеи как лидера группировки, имеющей связи с "Аль-Каидой". Однако тогда из-за нехватки доказательств ход делу дать не удалось.