Владимир Якунин родился 30 июня 1948 года во Владимирской области. В 1972 году окончил Ленинградский механический институт, работал в институте прикладной химии. После окончания службы в армии работал в Государственном комитете Совета Министров СССР по внешнеэкономическим связям, начальником отдела Физико-технического института им. А.Ф. Иоффе АН СССР. С 1985 по 1991 год - на дипломатической работе, в Постоянном представительстве СССР при ООН.
С 1991 года Владимир Якунин занимался бизнесом. В 1997 году возглавил Северо-Западную окружную инспекцию Главного контрольного управления президента Российской Федерации.
С октября 2000 года - заместитель министра транспорта Российской Федерации. С февраля 2002 года - первый заместитель министра путей сообщения.
24 октября 2003 года совет директоров ОАО "Российские железные дороги" единогласно утвердил кандидатуру Якунина Владимира Ивановича в качестве первого вице-президента ОАО "Российские железные дороги". Вчера он возглавил компанию.