Ниими выполнял обязанности руководителя "контрразведки" секты, был организатором диверсий и считался главным палачом в "АУМ Синрикё". Он оказался единственным из активистов секты, кому предъявили такие же обвинения, как и духовному лидеру сектантов Сёко Асахаре. Суд признал Ниими виновным в убийстве 26 человек и причастности к газовой атаке в столичном метро в марте 1995 года, в результате которой погибли 12 человек и около пяти тысяч оказались с отравлениями в больницах.
В 1989 году Ниими, в частности, организовал убийство юриста Цутому Сакамото - одного из первых людей, кто пытался рассказать правду о деятельности "АУМ Синрикё", а также его жены и сына.
На суде Томомицу Ниими признал все обвинения, за исключением причастности к распылению зарина в токийской подземке. Но заявил, что действовал исключительно в соответствии с приказами "вождя".
На настоящий момент практически вся бывшая верхушка "АУМ Синрикё" осуждена. Смертные приговоры вынесены 13 членам секты. В том числе и в отношении харизматического лидера секты, "гуру" Сёко Асахары". В начале 90-х годов прошлого века секта пользовалась популярностью и в России, где в нее входили несколько десятков тысяч "монахов", порвавших со своими семьями.