В августе 2005 года Зеленович был задержан российскими правоохранительными органами в Ханты-Мансийске, где он в течение нескольких лет работал электриком в строительной фирме. Тогда против серба было возбуждено уголовное дело по фактам незаконного пересечения границы и подделки документов. Однако в июне 2006 года Россия согласилась с настоятельными просьбами из Гааги и экстрадировала подследственного в Боснию и Герцеговину, откуда тот уже был передан Гаагскому трибуналу.
Обвинение в военных преступлениях, совершенных в 1992-1993 годах против несербского населения Боснии и Герцеговины, было выдвинуто в отношении 45-летнего Драгана Зеленовича еще в 1996 году. Согласно утверждениям следствия, будучи заместителем шефа полиции города Фоча, он принимал непосредственное участие в незаконном задержании тысяч боснийских мусульман и хорватов, подвергал их издевательствам и унижениям. В итоге МТБЮ признал Зеленовича виновным в девяти изнасилованиях, восемь из которых были квалифицированы как изнасилования и пытки, а четыре были признаны групповыми изнасилованиями.
Учитывая раскаяние бывшего офицера и его признание, которое избавило пострадавших от дачи показаний, а также сотрудничество со следствием, Гаагский трибунал в январе снял семь из четырнадцати предъявляемых Зеленовичу обвинений. Тем не менее, несмотря на позицию защиты, требовавшей для обвиняемого меры наказания от 7 до 10 лет заключения, приговор остался максимально жестким - 15 лет тюрьмы.