Его имя стоит в одном ряду с такими выдающимися учеными, как Ю.Б. Харитон, Я.Б. Зельдович, А.Д. Сахаров. Сделав очень и очень многое в советский период для нашей обороноспособности, для нашей науки, Юрий Алексеевич плодотворно продолжал свою крайне нужную для государства деятельность и после распада СССР, в том числе в тяжелейшие 1990-е годы. Он был среди тех, кому довелось обеспечить сохранение (и развитие) ядерного оружейного комплекса в то время, когда многие политики, к сожалению, не видели потребности в развитии отечественной системы ядерного сдерживания. Опираясь на таких людей, как Юрий Алексеевич, мне было легче отстаивать необходимость развития нашего ракетно-ядерного потенциала, сохранения нашего ядерного оружейного комплекса.
Еще будучи совсем молодым ученым, Юрий Алексеевич, работая с А.Д. Сахаровым и Я.Б. Зельдовичем, внес важный вклад в создание термоядерного заряда РДС-37, созданного с использованием принципа радиационной имплозии. Позднее он выступил как один из инициаторов разработки и реализации самого мощного термоядерного боезаряда в истории человечества ("проект-602"). Уже в 1958 году Трутнев сформировал глубоко проработанные и с научной и с исторической точек зрения предложения по миниатюризации термоядерных зарядов. Реализация этой задачи позволила вывести развитие нашего ядерного арсенала на новый уровень, обеспечить более высокую степень гибкости всей отечественной системы ядерного сдерживания.
19 октября 1965 года Трутнев назначается начальником объединенного теоретического отделения в КБ-11 ("Арзамас-16"), став преемником А.Д. Сахарова и Я.Б. Зельдовича - не только в организационном, но и интеллектуальном отношении. Два теоретических сектора, которые возглавляли Сахаров и Зельдович, были объединены под началом Юрия Алексеевича в одно подразделение. Большую роль сыграл он в налаживании серийного производства термоядерных зарядов.
В первой половине 1990-х годов академик Трутнев провел серьезную аналитическую работу по вопросам модернизации наземного компонента стратегических ядерных сил России, в том числе по обоснованию требований к новым межконтинентальным баллистическим ракетам для российских СЯС. Творческое общение с Юрием Алексеевичем было весьма ценным для меня как первого заместителя министра обороны, а позднее как секретаря Совета обороны, затем секретаря Совета безопасности РФ. Оно помогло, в том числе, четче определить облик, тактико-технические характеристики такой известной теперь системы вооружений, как межконтинентальная баллистическая ракета "Тополь-М", а также ряда других систем.
И сегодня Юрий Алексеевич продолжает радовать своих коллег новыми серьезными научными результатами, оригинальными идеями.