Наиболее существенные изменения в новой структуре претерпело министерство природных ресурсов, к названию которого добавилось: "и экологии". Вместе с "экологией" министерство получило под свое крыло два дополнительных ведомства - Федеральную службу по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды и Федеральную службу по экологическому, технологическому и атомному надзору. Однако при этом лишилось Федерального агентства лесного хозяйства.
Слово "экология" исчезло из системы федеральных органов исполнительной власти в 2000 году: сначала преобразовали министерство охраны окружающей среды и природных ресурсов в Госкомитет по экологии, а затем и его ликвидировали. Вскоре после проведения административной реформы 2004 года стало ясно, что экология и охрана природы де-факто сходят на нет при том, что вопросами экологического надзора занимались сразу 12 ведомств.
Два года назад министр природных ресурсов Юрий Трутнев с подачи общественных экологических организаций начал пробивать идею создания единого ведомства, отвечающего за экологическую политику. Это могли быть госкомитет или федеральное агентство. И вроде бы нашел поддержку в правительстве. Во всяком случае принципиальное решение о создании такого органа было давно принято, но реальных шагов так и не было сделано. Поэтому нынешние перемены в МПР эксперты считают вполне логичными, хотя и не во всем.
Директор по природоохранной политике Всемирного фонда дикой природы по России Евгений Шварц назвал произошедшие в МПР изменения шагом вперед, двумя шагами назад. "Хорошо, что в названии появилось слово "экология", но говорить о появлении независимого экологического ведомства нельзя. Хорошо, что Росгидромет и Ростехнадзор вошли в единый блок с Росприроднадзором. Значит, наиболее очевидные дублирующие функции будут сняты. Но обидно: можно было бы объединить Росгидромет и два надзирающих экологических ведомства и получить независимое министерство охраны окружающей среды".
В том, что Рослесхоз отдан министерству сельского хозяйства, Евгений Шварц не видит особой логики. Но опасается, что теперь экологическая составляющая из этого ведомства уйдет. Бывший министр охраны окружающей среды, а ныне директор Института водных проблем РАН Виктор Данилов-Данильян, напротив, считает, что в отношении Рослесхоза не произошло что-то "новое или оригинальное".