К трагедии привели непрофессиональные действия капитана лайнера Франческо Скеттино и его старшего помощника Чиро Амбросио. Им уже предъявлены обвинения в непреднамеренном убийстве, а также в том, что они покинули судно до завершения эвакуации пассажиров. Скеттино неумело подвел судно к острову Джильо: не заметив риф, он наткнулся на него. Из-за этого теплоход получил пробоину. Скеттино понял, что трагедия неизбежна, в 23.45. Он мог дать сигнал SOS, но по непонятным причинам начал эвакуацию людей гораздо позже. Почувствовав первый удар о скалы, Скеттино попытался подплыть как можно ближе к острову Джильо. Однако судно село на мель, накренилось и затонуло.
По версии капитана, экипаж судна сделал все, чтобы предотвратить последствия трагедии. Ответственность за катастрофу несут составители навигационной карты маршрута, которые не указали рифы. Однако один из местных жителей, который участвовал в составлении карты, уже заявил, что на ней были досконально указаны все "подводные камни". Скеттино также заявил, что экипаж координировал действия пассажиров по эвакуации. Но очевидцы утверждают, что некоторые члены экипажа первыми оказались в спасательных шлюпках. Свидетели утверждают: посадка на лодки проходила медленно и людей, в тот момент, когда лайнер дал крен, просили оставаться в каютах.
Следователи установили, что в момент трагедии лайнер отклонился от проложенного маршрута на 4 километра. Это привело к тому, что "Конкордия" наткнулась на риф. Прокуратура выясняет, произошло ли это из-за ошибки капитана или к трагедии привели нарушения в компьютерной системе управления судном, в том случае если управление "Конкордией" осуществлялось в автоматическом режиме. Началась расшифровка материалов с "черного ящика", где записаны переговоры капитана с сотрудниками береговой охраны в Ливорно.
В то же время, как говорят эксперты, если бы Скеттино не направил судно к берегу и не посадил его на мель, количество жертв трагедии было гораздо большим.
После трагедии в ряде блогов появились сообщения о том, что "Конкордия" могла столкнуться с неким объектом, в частности с подводной лодкой. На эту мысль натолкнул тот факт, что у берегов Италии с момента проведения операции в Ливии было сосредоточено значительное число военных судов. Однако, по словам экспертов, база ВМС Италии находится на значительном удалении от места трагедии, а малая глубина в районе катастрофы не позволяет маневрировать подводным лодкам.
Эта версия присутствовала на начальном этапе расследования, но в настоящее время полностью опровергнута, так как установлено, что лайнер действительно напоролся на риф.