За крупное хищение бюджетных средств, согласно части 4 статьи 159 ("Мошенничество") и части 3 статьи 165 ("Причинение имущественного ущерба без признаков хищения") УК РФ, прокурор попросила для фигуранта восемь лет колонии общего режима. Гособвинитель заявила суду, что доказана активная роль Дубова в совершении преступления. Прокурор отметила, что "преступления были тщательно спланированы и совершены с использованием множества подложных документов".
В то же время адвокат Дубова Леонид Сайкин заявил, что "в уголовном деле отсутствуют событие и состав преступления", и преследуют подсудимого якобы потому, что он "в прошлом был приближен к бывшему руководителю НК "ЮКОС" Михаилу Ходорковскому". Адвокаты попросили оправдать своего клиента.
По данным следствия, ущерб от незаконных действий Дубова в 1997 году составил около 76 млрд неденоминированных рублей. Обвинение считает, что хищение было совершено при нарушении трехстороннего соглашения, заключенного между Министерством финансов РФ, одной из дочерних компанией "ЮКОСа" и администрацией Волгоградской области. В материалах дела сказано, что фигурант участвовал в хищении средств, выделенных из бюджета на строительство жилья для военнослужащих. В обвинительном заключении записано, что в результате исполнения преступной схемы с участием фиктивных коммерческих структур и использованием подложных документов была создана искусственная задолженность правительства Волгоградской области перед дочерней структурой "ЮКОСа". Только в этой афере, по версии следствия, за Дубовым числится хищение более 22 млрд неденоминированных рублей.