Как рассказали корреспонденту "РГ" в пресс-службе Следственного комитета, Гайтукаев, по версии следователей, был организатором преступления. Именно он создал в 2006 году преступную группу, в которую вошли другие обвиняемые, а также сотрудник милиции Дмитрий Павлюченков. Гайтукаев руководил группой вплоть до его задержания за организацию покушения на убийство украинского бизнесмена Геннадия Корбана, за что он был осужден и отбывает наказание.
В дальнейшем Гайтукаев контролировал действиями участников группы по телефону, находясь в местах лишения свободы. В Москве же организацию преступления осуществлял Сергей Хаджикурбанов.
Обвиняемые тщательно планировали убийство журналистки, приобретали оружие, согласовывали свои действия друг с другом. Получив от Павлюченкова информацию о месте жительства потерпевшей, 7 октября 2006 года братья Махмудовы расположились на пути ее следования. Увидев Политковскую за рулем автомобиля, Ибрагим Махмудов сообщил об этом своему брату Джабраилу, а тот в свою очередь Рустаму, который вошел в подъезд дома, где жила Анна и стал дожидаться ее прибытия. Когда журналистка вошла в лифт, Рустам Махмудов произвел в нее несколько выстрелов из пистолета. Орудие преступления было оставлено на месте происшествия. После этого обвиняемые скрылись.
Следствие уверено, что им собрана достаточная доказательственная база. Уголовное дело отправлено в Генеральную прокуратуру РФ для утверждения обвинительного заключения и последующей передачи в суд для рассмотрения по существу.
Уголовное дело против Дмитрия Павлюченкова, заключившего досудебное соглашение о сотрудничестве, было выделено из уголовного дела об убийстве Анны Политковской. Приговором суда Павлюченкову назначено наказание в виде 11 лет лишения свободы с отбыванием в исправительной колонии строгого режима.