В городе и окрестностях располагаются 23 хвостохранилища и 13 горных отвалов. К типам загрязнений, выявленных в Майлуу-Суу, отнесены радиоактивный уран, шахтные отходы, тяжелые металлы и цианиды. Общий объем захороненных отходов составляет 2,9 миллиона кубометров. По данным МЧС и экологов Киргизии, на полную рекультивацию хвостохранилищ и предупреждение оползней в городе необходимо 16,8 миллиона долларов.
С 2004 года в Майлуу-Суу реализуется проект "Предупреждение чрезвычайных ситуаций", в ходе которого самые потенциально опасные захоронения переносят в другое место и утилизируют с помощью современных технологий. Эту работу поддержали несколько международных организаций, в том числе Всемирный банк, выделивший 11 миллионов долларов.
Самым грязным городом мира американские исследователи назвали украинский Чернобыль. Второе место занял центр российской химической промышленности Дзержинск, где в советское время неправильно утилизировали около 300 тысяч тонн химических отходов, половина которых попала в грунтовые воды. Замыкает тройку лидеров город Хайна (Доминиканская Республика), основной источник загрязнения которого - повышенное содержание свинца в воздухе.
Разработка месторождения радиобарита Майлуу-Суу началась в 1946 году и продолжалась до 1968-го. За 22 года двумя гидрометаллургическими заводами было добыто и переработано 10 тысяч тонн закиси-окиси урана. Помимо рудников в городе работали две обогатительные фабрики, перерабатывавшие не только местную руду, но и сырье близлежащих рудников, расположенных в Ферганской долине.