Это слово, бакалея, есть и в других славянских языках, с небольшими изменениями. В украинском оно выглядит как бакалия, в белорусском, как и у нас, бакалея, болгарское бакалия похоже на украинское. Если же вернуться к русскому, то у нас "бакалея" в ходу с середины XVIII века. Ударение могло быть и на втором слоге, бакАлия.
Всё указывает на то, что в русский язык слово пришло при персидском или турецком посредстве, там есть похожие слова. Однако первоисточник все-таки арабский язык: по Историко-этимологическому словарю, (бакл) - "травы, овощи, зелень".
А вот Даль уверен, что "бакалея" - от турецкого выражения бак-ала: "гляди и бери", то есть "товар налицо - бери любой"! Впрочем, Толковый словарь Кузнецова указывает и на то, что арабское bakkal - это продавец съестных припасов.